En fruktkärna är den hårda delen inuti en frukt som innehåller fröet eller fröna. Den fungerar som ett skyddande skal för att bevara fröet tills det är redo att gro. Kärnan är ofta svår att tugga och skiljer sig tydligt från fruktköttet. Exempel på frukter med kärnor är äpplen, päron och körsbär.